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当我们在撰写毕业论文的时候，参考文献中的序号可能会出现空格，以下是一些常见的情况及解决方法：

1. 制表位位置问题：当序号从1位增加到2或3位时，默认制表位位置可能不合适，导致出现空格。解决方法是调整制表位位置，使序号对齐。

2. 排版规则设置：在使用办公软件时，软件的排版规则设置不正确可能导致序号后出现空格。可以选中编号后右键单击，选择“调整列表缩进”，在“编号之后”选择“不特别标注”或“空格”等合适的选项。

3. 西文单词换行设置：如果参考文献中存在较长的英文单词且不能在单词中间换行，而段落设置为两端对齐，可能会导致单词间隔过大，看起来像序号后有空格。解决方法是框选需调整的参考文献段落，点击段落选项卡中的“中文版式”，勾选“允许西文在单词中间换行”。

4. 字体设置问题：误将编号数字的字体设置为特定字体可能导致对齐问题。需选中编号，将编号数字改成常用的字体。

5. 复制粘贴或格式不一致：有时从其他地方复制粘贴的内容可能带有格式差异，导致出现空格。可以尝试全选参考文献，进行统一的格式设置，或者按照上述方法调整制表位、段落等设置。
具体的解决方法可能因使用的软件版本和文档的具体情况而有所不同。你可以根据实际情况选择合适的方法进行调整，以达到参考文献序号整齐、无空格的效果。