两段序列比对重复率

作者:毕业通查重     发表时间:2022-08-25 17:59:58   浏览次数:1432



问:EXCEL数据比对重合率分析答:在c1单元格输入:exact(a1,b1),结果true表示重复,false表示不重复;
你可以借助if函数来用,在c1单元格输入:=(if(exact(a1,b1),"重复","不重复"));下拉就可以了!
希望能帮到你!答:用iferror和vlookup两个函数复合在F4单元格输入
=if(iferror(vlookup(B4,J:J,1,0),"N")="N","N","Y")问:如何比较两组数据之间的差异性答:首先,分别把这两组数据分别设为x和y,打开SPSS,点击左下角的Variable View选项卡,在Name列那里的第一行输y,第二行输x,返回Data View选项卡,输入对应的数据。
然后,进行数据分析,分别把y和x选进各自的对话框,然后按ok,在输出窗口中看到Coefficients这个表,然后看最右边的那个Sig列,看x对应的Sig值,若这个sig值比你之前所设定的a值大,则认为这两组数不存在显著性差异,若这个sig值比你之前所设定的a值小,则认为这两组数存在显著性差异。
举个例子,如果你预先设定的a=0.05,求得的sig=0.000,则0.000<0.05,故应拒绝原假设(原假设一般为设它们之间无差异),认为这两组数有显著性差异。问:如何比较两段DNA序列的相似性答:在blastn页面里在Align two or more sequences 前打钩,会出现上下两个窗口,各输一个序列就可以进行比较了。答:NCBI有个blast,很容易实现,但是接受的序列好像不能有空格,我好久不做了忘了答:我曾经用的是一个软件,clustalx-2.0问:多序列比对的步骤答:多序列比对一般通过3个步骤完成:
(1)两两进行双重比对。
(2)生成一系统树图(dendrogram) ,将序列按相似性大致地分组。
(3)使用系统树图作为引导,产生出最终的多序列比对结果。问:我把在NCBI上比对结果为99%的序列,拿来和我的序列再用DNAMAN比对一下,发现相似度只有30%了,为什么呢?答:你在用DNAMAN的多序列比对时,在弹出的对话框中可能没有选择“尝试使用双链”吧?包括编码链和非编码连的比对,你测序得到的目的片段可能是非编码链(即你目的基因的编码链的互补序列),而NCBI中提交的序列都是编码链的序列。答:你比的是核酸 还是氨基酸??
NCBI比对跟DNAMAN比对是有区别的 NCBI是局部比对 DNAMAN是全序列比对
假如你的序列是A长1000bp, NCBI上搜索相似度99%的序列为B长5000bp
那NCBI上比对可能是B序列中100-300bp同A序列中某段比对相似,然后中间的缺失掉,3000-3500跟A序列中部分序列相似,所以最终相似度高
但是在DNAMAN中 直接把所有的B中5000个bp同A的1000bp比对 相似性肯定就低了

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